PPGCB - Mestrado em Ciências Biológicas
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Navegando PPGCB - Mestrado em Ciências Biológicas por Autor "34195602300"
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Dissertação Análise in silico da interação entre a bomba de efluxo ACRABTOLC e inibidores(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2021-12-03) Batista, Sabrynna de Oliveira; Fulco, Umberto Laino; Melo, Maria Celeste Nunes de; 34195602300; http://lattes.cnpq.br/0580551464788795; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; http://lattes.cnpq.br/2697949543491903; Barbosa Filho, Francisco Ferreira; http://lattes.cnpq.br/2664045440231962; Bezerra, Katyanna Sales; http://lattes.cnpq.br/5246433025467179As bombas de efluxo são um importante mecanismo de defesa que as bactérias utilizam para evadir os métodos de tratamento antibiótico, usados na medicina no tratamento de doenças infecciosas. A AcrAB-TolC é um complexo protéico pertencente à família RND com importante distribuição em bactérias classificadas como agentes prioritários para desenvolvimento de métodos de combate. Durante muitos anos grupos de pesquisa vem desenvolvendo novos medicamentos com o intuito de mudar o atual cenário de multirresistência que esses microrganismos apresentam, dificultando a melhora de pacientes. Estudos utilizando moléculas inibidoras de bomba de efluxo, têm sido desenvolvidos como método alternativo para o combate das bactérias multirresistentes, a base desses inibidores é a potencialização dos métodos antibióticos já existentes. Dessa forma, este estudo tem como objetivo realizar análise ab initio da interação dos inibidores MBX2319 e seus derivados com o complexo AcrAB-TolC, através de cálculos da mecânica quântica, utilizando a Teoria do Funcional da Densidade (DFT). Os cálculos das energias de interação, dos resíduos envolvidos, foram feitos utilizando o Método de Fragmentação Molecular com Capas Conjugadas (MFCC). Os resultados apresentados, demonstram presença de ligações de hidrogênio que potencializam a força de interação entre ligantes analisados no complexo AcrAB-TolC. Além disso, o resíduo Phe178 apresentou resultados significativos nos 3 ligantes analisados, destacando sua importância para a energia total de interação. Como principais resíduos envolvidos na ligação da AcrAB-TolC com o antibiótico minociclina, utilizado para análise comparativa, temos o ILe277, Phe178, Gly179, Phe615, Arg620, Glu273, Asn274, Leu177 e Ser48. Já para o ligante MBX2319, os principais resíduos foram Phe178, Phe628, Val139, Phe610, Phe136, Phe615, Tyr327, Val612 e Phe617. Por fim, o ligante MBX3132, derivado do MBX2319, teve como principais resíduos o Phe178, Phe628, Phe615, Phe136, Phe610, Val612, Tyr327, ALa286 e o ILe277. Com esses resultados, podemos entender como melhorar os métodos de tratamento utilizados para auxiliar no combate a ação desse mecanismo de resistência bacteriana, e assim dar luz a futuras pesquisas.Dissertação Análise in silico do complexo YCBB-PBP5 mediador de resistência a β-Lactâmicos(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2021-12-02) Braga, Aline de Oliveira; Fulco, Umberto Laino; Melo, Maria Celeste Nunes de; 34195602300; http://lattes.cnpq.br/0580551464788795; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; http://lattes.cnpq.br/4527188234415347; Macedo Filho, Antônio de; http://lattes.cnpq.br/5432651695056904; Vianna, Jéssica de FátimaO mecanismo de resistência mediado pela L,D transpeptidase YcbB complexada com PBP5 em Escherichia coli permite a continuação da síntese da parede celular mesmo na presença de antibióticos β-lactâmicos, possibilitando a sobrevivência da bactéria mesmo sob estresse celular. Devido ao aumento do número de casos de resistência bacteriana aos tratamentos disponíveis, torna-se evidente a necessidade em desenvolver uma melhor compreensão sobre os mecanismos de resistência e consequentemente elaborar soluções farmacológicas eficazes. O objetivo deste estudo é avaliar, por meio de técnicas de simulação computacional fundamentadas na Teoria do Funcional da Densidade (DFT) e utilizando como metodologia o Fracionamento Molecular com Capas Conjugadas (MFCC), as especificidades energéticas presentes na interação entre os complexos YcbB-Meropenem e PBP5-Meropenem, a partir da utilização das estruturas cristalinas destas proteínas e a aplicação das ferramentas inerentes ao campo da simulação computacional. Para o primeiro complexo, foram avaliados 38 aminoácidos enquanto que para o sistema PBP5-Meropenem 42 aminoácidos foram analizados. A maioria dos resíduos energeticamente mais relevantes fazem parte do bolsão de ligação e os aminoácidos com maior energia atrativa estão situados a uma distância de até 4 Å, em ambos os complexos. Os resultados obtidos indicam maior energia de interação entre o meropenem e PBP5 através da interação dos resíduos THR243, HIS245, SER116, LYS242, GLY114 e SER139 que foram os mais importantes. Enquanto que para o complexo YcbB e meropenem os aminoácidos mais relevantes são SER526, TYR507, LEU431, ILE506, THR430 ARG407, TRP425, PRO428. Os métodos utilizados na análise destes resultados são arrojados e eficientes, e os resultados analisados servem como base de fundamentação teórica no desenvolvimento de novos fármacos.