Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/26856
Title: Desenvolvimento de ferramentas moleculares para identificação de variantes genotípicas do vírus causador da Síndrome da Mancha Branca em camarões
Other Titles: Development of molecular tools to identify genotypic variants of White Spot Syndrome virus
Authors: Pereira, Jéssica Marina de Paiva
Keywords: WSSV;ORF94;ORF75;ORF125;Genotipagem;VNTR
Issue Date: 29-Jun-2018
Citation: PEREIRA, Jéssica Marina de Paiva. Desenvolvimento de ferramentas moleculares para identificação de variantes genotípicas do vírus causador da Síndrome da Mancha Branca em camarões. 2018. 56f. Dissertação (Mestrado em Bioquímica) - Centro de Biociências, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2018.
Portuguese Abstract: A região nordeste é responsável por mais de 90% do camarão produzido no Brasil compreendendo os dois maiores produtores, os estados do Ceará e do Rio Grande do Norte. O vírus causador da síndrome da mancha branca (WSSV) tem sido considerado um dos principais desafios enfrentados pela carcinicultura global nas últimas décadas. Apesar de ser o maior problema enfretando pela carcinicultura brasileira na atualidade, o status epidemiológico e a variabilidade genética do WSSV foram pouco estudados no Brasil até o momento. A variabilidade genética do WSSV tem sido investigada em diferentes regiões do mundo, principalmente em estudos de dispersão viral e em tentativas de correlacionar genótipo e virulência. Essa variabilidade é acessada principalmente por meio de regiões variáveis presentes nas inserções entre as ORFs 23/24 e 14/15, e de repetições em tandem de número variável (VNTRs) que ocorrem nas ORFs 75, 94 e 125. Os primers usados para genotipar o WSSV com base nessas regiões foram descritos há pelo menos dez anos, e alguns não funcionam eficientemente para genotipar novas variantes do WSSV incluindo as que ocorrem no Brasil. No presente trabalho, foi desenvolvido um novo set de primers para amplificação das regiões variáveis no genoma do WSSV por PCR, baseados em alinhamentos de todas as sequências disponíveis até o momento nos bancos de dados públicos. Os novos primers foram sintetizados, e novas reações de PCR foram padronizadas, tendo sua eficiência comparada com protocolos e primers anteriormente descritos. Os novos primers foram utilizados em um estudo epidemiológico piloto, em que amostras de camarão foram coletadas em fazendas localizadas ao longo da costa do Rio Grande do Norte. A prevalência do WSSV foi de 58%, 100% e 60% nas fazendas investigadas nas regiões sul, central e norte do estado respectivamente. As amostras com maior carga viral foram genotipadas. O novo conjunto de primers se mostrou mais eficiente em comparação com os primers já descritos, permitindo genotipar maior número de amostras. Os resultados indicam que a prevalência do WSSV no estado do Rio Grande do Norte estava alta no período em que foram coletadas as amostras, e que a variabilidade genética do WSSV no estado é baixa, tendo sido obsevada principalmente no marcador ORF94. Os resultados permitiram ainda observar algumas evidências de que eventos de recombinação genética podem ter originado os isolados Brasileiros do WSSV.
Abstract: The northeastern region is responsible for more than 90% of shrimp produced in Brazil, including the two largest producers, the states of Ceará and Rio Grande do Norte. The virus that causes white spot syndrome (WSSV) has been considered a major challenge faced by global shrimp farming in recent decades. Despite the fact that it is the biggest problem facing Brazilian shrimp farming today, the epidemiological status and the genetic variability of the WSSV have been little studied in Brazil to date. The genetic variability of WSSV has been investigated in different regions of the world, especially in studies of viral dispersion and in attempts to correlate genotype and virulence. This variability is accessed primarily through the variable regions present at the insertions between ORFs 23/24 and 14/15, and variable number of tandem repeats (VNTRs) occurring in ORFs 75, 94 and 125. The primers used to genotype the WSSV based on these regions have been described for at least 10 years, and some do not work efficiently to genotype new WSSV variants including those occurring in Brazil. In the present work, a new set of primers was developed to amplify the variable regions in the WSSV genome by PCR, based on alignments of all the sequences available so far in the public databases. The new primers were synthesized, and new PCR reactions were standardized, having their efficiency compared to previously described protocols and primers. The new primers were used in a pilot epidemiological study in which shrimp samples were collected on farms located along the coast of Rio Grande do Norte. The prevalence of WSSV was 58%, 100% and 60% in the farms investigated in the southern, central and northern regions respectively. The samples with the highest viral load were genotyped. The new set of primers proved to be more efficient in comparison with the primers already described, allowing the genotyping of more samples. The results indicate that WSSV prevalence in the state of Rio Grande do Norte was high at the time the samples were collected and that the genetic variability of WSSV in the state is low and was observed mainly in the ORF94 marker. The results allowed to observe some evidence that events of genetic recombination may have originated the Brazilian isolates of WSSV.
URI: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/26856
Appears in Collections:PPGB - Mestrado em Bioquímica

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
Desenvolvimentoferramentasmoleculares_Pereira_2018.pdf2,79 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.