PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática
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Navegando PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática por Autor "Almeida, Rita Maria Cunha de"
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Dissertação Análise baseada em biologia de sistemas destaca processos alterados que afetam a sobrevida geral de pacientes com sarcoma de Ewing(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2022-04-06) Dalmolin, Matheus Gibeke Siqueira; Sinigaglia, Marialva; http://lattes.cnpq.br/5450809564180533; https://orcid.org/0000-0002-5400-0909; http://lattes.cnpq.br/6696965491888991; Almeida, Rita Maria Cunha de; Gregianin, Lauro JoséO Sarcoma de Ewing (SE) é uma doença altamente agressiva e a segunda neoplasia óssea pediátrica mais frequente. A marca registrada do SE é a presença do fator de transcrição aberrante EWSR1-FLI que impulsiona a reprogramação metabólica. Os procedimentos terapêuticos aumentaram parcialmente a sobrevida do SE, mas ainda apresentam alta toxicidade e causam morbidade significativa. Para sugerir estratégias terapêuticas mais eficientes, é necessário um entendimento mais abrangente das vias que impactam a sobrevivência do SE para o desenvolvimento de novos diagnósticos e estratégias terapêuticas. Aqui, identificamos diferenças no nível de transição entre pacientes com SE com sobreviventes de curto prazo (SCP) e sobreviventes de longo prazo (SLP) com base em dados transcricionais disponíveis em três conjuntos de dados públicos, aplicando a análise do transcriptograma. Três agrupamentos comuns diferencialmente expressos nas coortes analisadas foram identificados. Processos relacionados à resposta e reparo ao dano do DNA, resposta imune, apoptose e autofagia foram desregulados entre os grupos SCP e SLP. Além disso, o enriquecimento funcional dos genes comuns entre três clusters e regulons ES destacam o upregulation da via Hippo em pacientes SCP. Nossa análise sugere que diferentes processos podem estar orientando o desfecho de pacientes com SE de forma integrada e podem contribuir para a diversidade de fenótipos impulsionados pela flutuação da expressão de EWSR1-FLI1.Dissertação Engenharia reversa de redes regulatórias do meduloblastoma e inferência de reguladores mestres(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2021-08-31) Monteiro, Tayrone de Sousa; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; http://lattes.cnpq.br/2289231769022821; Almeida, Rita Maria Cunha de; http://lattes.cnpq.br/4672766298301524; Sinigaglia, Marialva; http://lattes.cnpq.br/5450809564180533O meduloblastoma é um câncer do cerebelo que afeta majoritariamente a população pediátrica. Este tumor é classificado em quatro subgrupos molecularmente diferentes (WNT, SHH, grupo 3 e grupo 4), onde cada cada um também apresenta características clínicas distintas. Alguns drivers epigenéticos do meduloblastoma já foram descritos por alguns estudos, entretanto, a inferência de suas redes regulatórias e de seus reguladores mestres só é citada uma vez, na literatura. Neste estudo, foram inferidas as redes regulatórias e os reguladores mestres dos subgrupos SHH, grupo 3 e grupo 4. Dez regulons foram identificados como reguladores mestres e regulões diferencialmente metilados, simultaneamente, para os três subgrupos. Foi percebido que o padrão de atividade destes regulões varia de acordo com o subgrupos. A análise de enriquecimento de vias do KEGG também foi aplicada, levando em conta o conteúdo de todos os regulões de interesse em cada rede regulatória. Dois termos do KEGG foram identificados concomitantemente para os três subgrupos investigados. Este trabalho auxilia na compreensão do reguloma do meduloblastoma, identificando possíveis reguladores mestres, analisando seu metiloma e indicando potenciais alvos terapêuticos.