Navegando por Autor "Campos, Leonardo René dos Santos"
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Tese Reconstrução de cenários evolutivos de sistemas genéticos em larga escala: introduzindo o algoritmo Bridge(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2024-03-08) Campos, Leonardo René dos Santos; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; Souza, Jorge Estefano de Santana; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; https://orcid.org/0000-0003-2937-0147; http://lattes.cnpq.br/5477636628791124; Costa, César Rennó; https://orcid.org/0000-0003-0417-8108; http://lattes.cnpq.br/9222565820639401; Sequerra, Eduardo Bouth; Farias, Sávio Torres de; Figuerola, Wilfredo BlancoAs metodologias de reconstrução de cenários evolutivos são importantes ferramentas que auxiliam na investigação do funcionamento de sistemas genéticos sob a perspectiva de sua conservação ao longo da evolução e de suas origens. O conceito primário para a compreensão dessas técnicas está nas relações estabelecidas comparando os genomas de diferentes espécies para formar famílias de genes conhecidas como grupos de ortólogos. Ortólogos são genes de espécies distintas originários de um ancestral comum que, tipicamente, desempenham funções similares nos respectivos organismos. Observando-se a distribuição dos ortólogos numa árvore de espécies é possível determinar em que ponto da evolução mais provavelmente emergiu a característica funcional representada por aquele grupo de ortólogos. Embora este processo seja trivial quando empregado a um único gene, sua aplicação em larga escala permanecia desafiadora. Nesta tese, introduzimos o algoritmo Bridge, implementado na linguagem R através do pacote GeneBridge, o qual permite interrogar simultaneamente milhares de grupos de ortólogos – atribuindo uma raiz evolutiva a cada um, bem como calcular a consistência e a confiabilidade estatística das inferências realizadas. Também desenvolvemos uma metodologia para construção sistemática de conjuntos de dados de entrada para as análises de enraizamento evolutivo a partir de bancos de ortólogos, disponibilizada através do pacote de anotações GeneBridge-Data. Assim, com a grande quantidade informações de ortologias disponíveis atualmente, as ferramentas apresentadas nesta tese destacam-se como alternativas viáveis para abordar a reconstrução de cenários evolutivos nesta escala.