Navegando por Autor "Coêlho, Ana Carolina Miranda Fernandes"
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TCC Comparação entre amostras selvagem e BRCA-associadas em câncer de ovário(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2016-12-01) Coêlho, Ana Carolina Miranda Fernandes; Souza, Jorge Estefano Santana de; Kroll, José EduardoO câncer de ovário representa a principal causa de morte dentre as neoplasias malignas ginecológicas. Apesar da evolução das técnicas cirúrgicas e dos regimes quimioterápicos, a taxa de sobrevida das pacientes com câncer de ovário continua baixa devido ao diagnóstico tardio. Mutações nos genes BRCA constituem o fator de risco mais significativo para o desenvolvimento dessa doença. Usando dados do TCGA, para esta neoplasia específica, juntamente com o método do S-score, foram identificados genes previamente conhecidos e de outros potencias genes envolvidos no processo de carcinogênese. Além disso, propôs-se assinaturas gênicas, compostas por três genes, associadas à uma sobrevida mais curta em pacientes com câncer de ovário. Portanto, os dados apresentados nesse estudo poderão auxiliar o desenvolvimento de ferramentas diagnósticas e terapêuticas mais eficientes, baseadas nas características moleculares do tumor, possibilitando uma redução na taxa de mortalidade associada ao câncer de ovário.Dissertação neoANT:HILL: uma ferramenta integrada para a detecção de potenciais neoantígenos(2019-04-18) Coêlho, Ana Carolina Miranda Fernandes; Souza, Sandro José de; ; ; Souza, Jorge Estefano Santana de; ; Santos, Ândrea Kely Campos Ribeiro dos;Nos últimos anos, os neoantígenos têm gerado grande interesse na imunoterapia devido à sua capacidade de desencadear respostas imunológicas antitumorais. Os neoantígenos surgem como consequências de mutações somáticas especificas e podem ser apresentados, pelas moléculas de HLA, na superfície das células tumorais e reconhecidos pelas células T como moléculas não-próprias. Diversos estudos indicaram resultados promissores quanto ao uso dos neoantígenos em diferentes abordagens imunoterapêuticas. No entanto, a identificação precisa dos neoantígenos ainda permanece um desafio. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi desenvolver uma ferramenta computacional que integre análises imunogenômicas individuais, porém, fundamentais para a identificação de potenciais neoantígenos. Foram utilizados dados de RNA-seq do projeto GEUVADIS e dados de mutações somáticas provenientes de melanoma do projeto TCGA para auxiliar na validação do pipeline desenvolvido. Como resultado, obteve-se a ferramenta, denominada neoANT-HILL, desenvolvida na linguagem de programação Python e, disponível por meio de uma interface gráfica amigável e interativa. A ferramenta utiliza dados provenientes do sequenciamento genômico ou exômico e/ou dados de RNA-Seq para a execução das análises imunogenômicas disponíveis. A integração dos resultados auxiliam na identificação precisa de potenciais neoantígenos candidatos à imunoterapia.