Navegando por Autor "Dantas, Márcia Danielle de Araújo"
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Dissertação Estudo do genoma do vírus causador da mionecrose infecciosa em camarões e desenvolvimento de métodos para detecção de polimorfismos(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2014-08-01) Dantas, Márcia Danielle de Araújo; Lanza, Daniel Carlos Ferreira; ; http://lattes.cnpq.br/6851351991421755; ; http://lattes.cnpq.br/8844203308365921; Lima, João Paulo Matos Santos; ; http://lattes.cnpq.br/3289758851760692; Macedo, Leonardo Lima Pepino de; ; http://lattes.cnpq.br/7934184974850346A carcinicultura é uma das atividades que mais contribui para o crescimento da aquicultura mundial. Entretanto, esta atividade vem sofrendo perdas econômicas significativas devido ao surgimento de doenças virais como a Mionecrose Infecciosa (IMN). A IMN já está disseminada em toda região Nordeste do Brasil e vem causando sérios danos à carcinicultura na Indonésia. O principal sintoma da doença é a mionecrose, que consiste na necrose dos músculos estriados do abdômen e do cefalotórax do camarão. A IMN é causada pelo vírus da mionecrose infecciosa (IMNV), um vírus não envelopado que apresenta protrusões ao longo de seu capsídeo. O genoma viral é formado por uma única molécula de RNA dupla fita e possui duas Open Reading Frames (ORFs). A ORF1 codifica a proteína principal do capsídeo (MCP) e uma possível proteína de ligação a RNA (RBP). A ORF2 codifica uma provável RNA polimerase dependente de RNA (RdRp) e classifica o IMNV dentro da família Totiviridae. Assim, o objetivo desse estudo foi estudar o genoma completo do IMNV e as proteínas codificadas no intuito de desenvolver um sistema que identificasse diferentes isolados do vírus com base na presença de polimorfismos. A relação filogenética entre alguns totivírus foi investigada e mostrou um novo grupo para o IMNV dentro da família Totiviridae. Dois novos genomas foram sequenciados, analisados e comparados a outros dois genomas já depositados no GenBank. Os novos genomas foram mais semelhantes entre si do que com aqueles já descritos. Regiões variáveis e conservadas do genoma foram identificadas através de gráficos de similaridade e alinhamentos utilizando as quatro sequências do IMNV. Esta análise possibilitou o mapeamento de sítios polimórficos e revelou que a região mais variável do genoma se encontra na primeira metade da ORF1 e coincide com as regiões que possivelmente codificam a protrusão viral, enquanto que as regiões mais estáveis se encontraram em domínios conservados de proteínas que interagem com o RNA. Além disso, estruturas secundárias foram preditas para todas as proteínas empregando diversos softwares e modelos estruturais proteicos foram calculados usando modelagens por threading e simulações ab initio. A partir dessas análises foi possível observar que as proteínas do IMNV possuem motivos e formas similares às proteínas de outros totivírus, e novas possíveis funções proteicas foram propostas. O estudo do genoma e das proteínas foi essencial para o desenvolvimento de um sistema de detecção baseado em PCR capaz de discriminar os quatro isolados do IMNV com base na presença de sítios polimórficos.Tese Estudo dos genomas dos principais vírus que acometem a carcinicultura no Brasil(2019-03-15) Dantas, Márcia Danielle de Araújo; Lanza, Daniel Carlos Ferreira; Lima, João Paulo Matos Santos; ; ; ; Silva, Marcelo de Sousa da; ; Amaral, Viviane Souza do; ; Silveira, Raniere Fagundes de Melo; ; Feijó, Rubens Galdino;A região Nordeste é uma das maiores produtoras de camarão no Brasil, com destaque para os estados do Rio Grande do Norte e Ceará. Um dos maiores problemas que a indústria da carcinicultura vem enfrentando nas últimas décadas é o aumento da incidência de doenças infecciosas, as quais causam grandes perdas econômicas para o setor. Dentre essas doenças destacam-se aquelas causadas pelo vírus da síndrome da mancha branca (WSSV), o Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV) e o vírus da mionecrose infecciosa (IMNV). O estudo dos genomas desses vírus é de fundamental importância para entender mecanismos essenciais à sobrevivência dos mesmos e, assim, desenvolver ferramentas eficazes para detecção e controle. Nesse contexto, o objetivo geral deste trabalho foi caracterizar os genomas de variantes do IMNV, WSSV e PstDNV, contribuindo com novas informações sobre as características do genoma e taxonomia desses patógenos. O capítulo 1 descreve o estudo de sequências de membros da família Totiviridae. Os resultados mostram que o IMNV e outros vírus da família que infectam artrópodes apresentam características que os classificam em um novo grupo denominado preliminarmente como Artivirus. O alinhamento de aminoácidos da ORF1 indica que os artivírus são os únicos membros da família Totiviridae que apresentam os sítios de clivagem 2A-like e duas proteínas previamente preditas para o IMNV. Um possível sítio de clivagem upstream à proteína do capsídeo também foi identificado nesses genomas. Modelos proteicos revelaram estruturas conservadas para as duas proteínas, indicando que, provavelmente, elas estão envolvidas na formação das protrusões virais e empacotamento do RNA. O capítulo 2 aborda o sequenciamento e análise do genoma de um isolado brasileiro do WSSV (WSSV-BR). O genoma foi sequenciado utilizando a plataforma Ion Torrent e montado usando um pipeline alternativo no qual um genoma quimera do WSSV foi utilizado como sequência referência. O genoma do WSSV-BR apresentou um tamanho de 292.912 pb, 184 possíveis ORFs e nove regiões homólogas. Análises de identidade e de filogenia mostraram que o WSSV-BR é mais próximo aos isolados da Tailândia e México e que, provavelmente, esses três vírus compartilham uma origem evolutiva comum. Além disso, foi observado que a história evolutiva do WSSV pode estar relacionada a eventos de recombinação e que esses eventos, de algum modo, podem ser traçados analisando as regiões homólogas do WSSV. O capítulo 3 traz o sequenciamento e análise do genoma de um novo isolado brasileiro do PstDNV (PstDNV-BR17). A comparação de identidade e a filogenia mostraram que o novo isolado faz parte de uma linhagem infecciosa do PstDNV. Análises de variabilidade genética mostraram que existem poucos sítios polimórficos entre os isolados brasileiros e que essas alterações não afetam a estrutura das proteínas. A investigação da região 5’UTR revelou a presença de uma deleção no PstDNV-BR17 que altera estruturas secundárias presentes nessa região, as quais são importantes para a replicação viral. As informações obtidas a partir do estudo dos genomas poderão ser utilizadas para subsidiar a orientação de medidas de manejo e controle eficazes no combate aos problemas causados por vírus que afetam a carcinicultura.