Navegando por Autor "Falcão, Raul Maia"
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Dissertação Alport autossômica: um estudo de duas famílias norte-rio-grandenses(2019-12-19) Falcão, Raul Maia; Souza, Jorge Estefano Santana de; ; ; Jerônimo, Selma Maria Bezerra; ; Balbino, Valdir;Síndrome de Alport (SA) é uma patologia geneticamente rara, heterogênea e hereditária associada a mutações germinativas nos genes de colágeno tipo IV (COL4A3, COL4A4 e COL4A5). Caracterizada por provocar perda progressiva das funções renais, auditiva e lesões oculares durante a primeira infância, o progresso da doença evolui para uma doença renal terminal frequentemente associada à falência renal. Estudos que visam diagnosticar precocemente indivíduos com essa nefropatia pode levar ao tratamento adequado e, portanto, melhorar a expectativa de vida. Atualmente tem surgido esforços, focados no genoma dos pacientes, para a criação de testes de diagnósticos de doenças/síndromes raras. Sob esse olhar, conhecer mutações, genes e vias metabólicas envolvidas com a patologia é crucial para o entendimento da complexidade dessas doenças. Pensando em corroborar com os achados e estudos a respeito da SA foi realizado o sequenciamento do exoma de duas famílias do Rio Grande do Norte (RN), ambas compostas por quatro indivíduos. Através dos softwares GATK e VARSCAN2 foi realizada a chamada de variantes seguida de uma varredura por variantes deletérias identificadas por um script in house. Os resultados apontaram duas variantes deletérias inéditas nos genes que formam as cadeias α3 e α4 do colágeno tipo IV (um stop codon no COL4A3 e frameshift em COL4A4) levando a um truncamento prematuro da proteína. Ambas variantes foram detectadas em estado de homozigose nos probandos e em heterozigose nos demais membros da família. Adicionalmente foi detectado uma ampla região de Runs of Homozigosity (ROH) envolvendo os genes COL4A3 e COL4A4 em ambos os probandos das duas famílias. De acordo com os achados das variantes deletérias nos genes COL4A3 e COL4A4 em regiões de ROH, essas variantes passam a estar relacionadas a SA de forma que observações semelhantes possam servir como suporte para possíveis alvos na criação de novos testes de diagnóstico e para o serviço de Aconselhamento Genético.Artigo A decision tree to improve identification of pathogenic mutations in clinical practice(BMC, 2020-03-10) Nascimento, Priscilla Machado do; Medeiros, Inácio Gomes; Falcão, Raul Maia; Ferreira, Beatriz Stransky; Souza, Jorge Estefano Santana deBackground: A variant of unknown significance (VUS) is a variant form of a gene that has been identified through genetic testing, but whose significance to the organism function is not known. An actual challenge in precision medicine is to precisely identify which detected mutations from a sequencing process have a suitable role in the treatment or diagnosis of a disease. The average accuracy of pathogenicity predictors is 85%. However, there is a significant discordance about the identification of mutational impact and pathogenicity among them. Therefore, manual verification is necessary for confirming the real effect of a mutation in its casuistic. Methods: In this work, we use variables categorization and selection for building a decision tree model, and later we measure and compare its accuracy with four known mutation predictors and seventeen supervised machinelearning (ML) algorithms. Results: The results showed that the proposed tree reached the highest precision among all tested variables: 91% for True Neutrals, 8% for False Neutrals, 9% for False Pathogenic, and 92% for True Pathogenic. Conclusions: The decision tree exceptionally demonstrated high classification precision with cancer data, producing consistently relevant forecasts for the sample tests with an accuracy close to the best ones achieved from supervised ML algorithms. Besides, the decision tree algorithm is easier to apply in clinical practice by non-IT experts. From the cancer research community perspective, this approach can be successfully applied as an alternative for the determination of potential pathogenicity of VOUSTese Identificação de biomarcadores e assinaturas moleculares em leiomiossarcoma uterino por abordagem multi-ômica(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2025-03-14) Falcão, Raul Maia; Souza, Jorge Estefano de Santana; Souza, Jorge Estefano de Santana; https://orcid.org/0000-0003-2347-042X; http://lattes.cnpq.br/8058577659019910; http://lattes.cnpq.br/5005501878283248; Paiva Júnior, Sérgio de Sá Leitão; https://orcid.org/0000-0002-9938-6673; http://lattes.cnpq.br/7706717198580424; Ferreira, Beatriz Stransky; https://orcid.org/0000-0003-4506-393X; http://lattes.cnpq.br/3142264445097872; Martins, Mariana Lima Boroni; https://orcid.org/0000-0003-3495-9917; http://lattes.cnpq.br/2407012834433865; Balbino, ValdirO sarcoma uterino é um tumor maligno de evolução clínica agressiva e que representaemtorno de 3-7% de todas as neoplasias uterinas malignas. O leiomiossarcoma uterino(uLMS),é o subtipo, de origem mesenquimal, mais comum de sarcoma uterino. OdiagnósticodouLMS ocorre ao acaso ao se realizar histerectomia para leiomiomas (LM) – tumores benignos– e confirmado por características histopatológicas como atipia celular, índice mitóticoenecrose de células tumorais. Do ponto de vista molecular, desenvolver estudos eficazesparabuscar biomarcadores de diagnóstico do uLMS é um desafio devido à heterogeneidademolecular do tumor e escassez de amostras. Neste estudo, realizamos umestudoabrangentede integração multiômica (genômica, transcriptômica e proteômica) utilizandotumoresfrescos afim de buscar características moleculares do uLMS. Os resultados apontaramdoisalvos terapêuticos, IDH1_p.Arg132Cys e KRAS_p.Gly12Cys, em pacientes commetástase.Também foi observado que a deficiência de recombinação homóloga (HRD) é a assinaturagenômica mais predominante. Além disso, 80% das amostras apresentaramuma assinaturadechromotripsis, reforçando o fenótipo de aneuploidia desses tumores. Ainda foi observadoqueuLMS são tumores com alto escore de proliferação e alta expressão do geneKi67(MIM:176741) e estão associados a uma pior prognóstico. Ademais, foi reportadoumaaltafrequência de eventos de fusão in-frame envolvendo o gene EEF1A1 (MIM:130590). Aanálise de integração multiômica identificou a amplificação do gene CTHRC1 (MIM:610635)com um impacto negativo no prognóstico da doença. Por fim, o gene PSMB9 (MIM:177045)se encontrou superexpresso e com valores heterogêneos de expressão gênica no grupouLMS.Os grupos de quartis não mostraram diferença significativa entre os valores de expressãodePSMB9 altos e baixos no tempo de sobrevida de 3 e 5 anos. No entanto, a presençadelinfócitos infiltrantes tumorais (TILs) CD8+ contribuiu para o reconhecimentodecélulastumorais e da resposta do sistema imune. Essa presença foi observada devida a diferençassignificativas associadas à melhor sobrevida ao considerar a razão CD8+/PSMB9 notempodesobrevida de 3 anos. Esses achados contribuem para um melhor entendimento darespostaimune bem como as interações celulares da matriz extracelular (ECM) sugerindoquepacientes com uLMS podem se beneficiar de uma medicina de precisão individualizada.