Navegando por Autor "Imparato, Danilo Oliveira"
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Dissertação Easylayout: pacote R integrado à IDE para dispor grafos usando simulações de força(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2024-10-11) Imparato, Danilo Oliveira; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; https://orcid.org/0000-0002-1688-6155; http://lattes.cnpq.br/4065178015615979; https://orcid.org/0000-0001-6979-4951; http://lattes.cnpq.br/8680042030819838; Gysi, Deisy Morselli; Costa, César Renno; Araújo, Gilderlanio Santana deA visualização de redes é uma etapa crítica para a comunicação eficaz em várias áreas do conhecimento, especialmente nas ciências da vida. Atualmente, uma lacuna separa a manipulação da visualização de redes em ambientes de programação. Usuários constantemente enfrentam a inconveniência de exportar dados de rede para serem manipulados em softwares externos, como Cytoscape e Gephi. Propomos o easylayout, um pacote que une amigavelmente manipulação e visualização ao integrar-se à IDE do usuário (por exemplo, RStudio, VSCode e Jupyter Notebook). Não se trata de uma nova biblioteca para visualização de grafos, mas sim uma tentativa de padronização e intercomunicação de bibliotecas existentes. O pacote easylayout recebe um objeto igraph e o serializa para dentro de uma aplicação web integrada com a interface do RStudio por meio de um servidor Shiny. Esta aplicação web oferece um ambiente para dispor a rede simulando forças de atração e repulsão. Um modo de edição permite que os usuários movam e rotacionem vértices. O desenvolvimento do pacote visa desempenho computacional, de modo que dispositivos de baixo custo sejam capazes de trabalhar com redes relativamente grandes. Para atingir esse objetivo, utilizamos bibliotecas performáticas, como VivaGraphJS e d3-force e renderização em WebGL. Uma vez ajustado, o layout é enviado de volta ao ambiente de programação, podendo ser visualizado com bibliotecas populares como ggplot2 e a própria biblioteca base. A implementação atual foca em refinar a experiência no ecossistema R, mas o uso de tecnologias web torna-o facilmente portável para ambientes similares, como Jupyter Notebooks. Esperamos que esta ferramenta reduza o tempo gasto visualizando redes e também permita que pesquisadores gerem figuras melhores. Está disponível gratuitamente sob licença MIT no GitHub (https://github.com/dalmolingroup/easylayout). O pacote é implementado em R/Shiny e JavaScript/Svelte.TCC Receptores ionotrópicos como força motriz da origem das sinapses(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-11-30) Imparato, Danilo Oliveira; Dalmolin, Rodrigo Juliani Siqueira; Sequerra, Eduardo Bouth; Rennó-Costa, CésarA origem dos sistemas nervosos é um dos principais temas da biologia e seus mecanismos são majoritariamente determinados pela neurotransmissão sináptica. Uma dificuldade para explicar o estabelecimento das sinapses é que ortólogos sinápticos estão presentes em diversos organismos aneurais. Nós investigamos como as interações entre esses elementos evoluíram e até que ponto isso está relacionado com nosso entendimento da complexidade dos sistemas nervosos. Nós identificamos a rede de genes de neurotransmissão humana com base nos genes presentes nos sistemas GABAérgico, glutamatérgico, serotoninérgico, dopaminérgico e colinérgico. A rede final engloba 321 genes, dos quais 83 atuam exclusivamente no sistema nervoso. Nós reconstruímos o cenário evolutivo do surgimento da sinapse humana através da busca por ortólogos sinápticos em 476 espécies eucarióticas. O ancestral comum mais recente (ACMR) entre cnidários e humanos se apresentou como ponto de enraizamento de uma grande quantidade de genes humanos neuroexclusivos, em especial receptores ionotrópicos, que podem ter sido cruciais para o estabelecimento das sinapses. Poucos genes sinápticos enraizaram depois do ACMR Humano-Cnidaria. Também identificamos uma maior abundância de proteínas sinápticas em vertebrados, sugerindo um aumento na complexidade da rede de genes de neurotransmissão desses organismos.Artigo Sex-biased gene expression in the frontal cortex of common marmosets (Callithrix jacchus) and potential behavioral correlates(2018-12) Nogueira, Viviane Brito; Imparato, Danilo Oliveira; Souza, Sandro José de; Sousa, Maria Bernardete Cordeiro deINTRODUCTION: The common marmoset (Callithrix jacchus), a small New World monkey, has been widely used as a biological model in neuroscience to elucidate neural circuits involved in cognition and to understand brain dysfunction in neuropsychiatric disorders. In this regard, the availability of gene expression data derived from next-generation sequencing (NGS) technologies represents an opportunity for a molecular contextualization. Sexual dimorphism account for differences in diseases prevalence and prognosis. Here, we explore sex differences on frontal cortex of gene expression in common marmoset's adults. METHODS: Gene expression profiles in six different tissues (cerebellum, frontal cortex, liver, heart, and kidney) were analyzed in male and female marmosets. To emphasize the translational value of this species for behavioral studies, we focused on sex-biased gene expression from the frontal cortex of male and female in common marmosets and compared to humans (Homo sapiens). RESULTS: In this study, we found that frontal cortex genes whose expression is male-biased are conserved between marmosets and humans and enriched with "house-keeping" functions. On the other hand, female-biased genes are more related to neural plasticity functions involved in remodeling of synaptic circuits, stress cascades, and visual behavior. Additionally, we developed and made available an application-the CajaDB-to provide a friendly interface for genomic, expression, and alternative splicing data of marmosets together with a series of functionalities that allow the exploration of these data. CajaDB is available at cajadb.neuro.ufrn.br. CONCLUSION: The data point to differences in gene expression of male and female common marmosets in all tissues analyzed. In frontal cortex, female-biased expression in synaptic plasticity, stress, and visual processing might be linked to biological and behavioral mechanisms of this sex. Due to the limited sample size, the data here analyzed are for exploratory purposes.