Navegando por Autor "Lima, Daniel Chaves de"
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Dissertação Análise de transcriptoma de células-tronco mesenquimais humanas durante a osteogênese(2017-09-01) Rocha, Ana Carolina Pereira; Medeiros, Silvia Regina Batistuzzo de; ; ; Lima, Daniel Chaves de; ; Marques, Joana Cristina Medeiros Tavares; ; Lima, João Paulo Matos Santos;A diferenciação das células-tronco mesenquimais humanas (CTMh) em osteoblasto segue um programa específico de expressão gênica, comprometendo-se inicalmente sob a influência das vias Wnt (Wingless pathway) e das BMPs (bone morphogenetic protein) que direcionam a célula a sua transformação em osteoblasto. Entretanto, as vias ativadas especificamente durante a fase inicial da diferenciação são ainda pouco exploradas. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil transcricional do início do processo de diferenciação de CTMh, obtidas da veia do cordão umbilical, em osteoblasto, a partir da técnica de RNA-Seq. A partir dos dados de transcriptoma, foi produzida uma lista ordenada de genes funcionalmente associados, obtida pela média da expressão gênica tomada sobre genes vizinhos nesta lista, facilitando, assim, a sua interpretação biológica. Para o estudo de ontologia gênica e delineamento do perfil de expressão durante a osteogênese, os processos metabólicos e funções moleculares significativamente alterados durante o decorrer do processo de diferenciação foram analisados em diversas ferramentas (REVIGO, GOrila, PANTHER, LNCipedia e NONCODE) e descritos. Durante a indução à diferenciação das CTMh em osteoblasto, foi observado o aumento da expressão de genes característicos do fenótipo osteoblástico já a partir do primeiro dia de diferenciação. Foram identificados RNAs não codificantes, consoante a evolução da diferenciação, bem como genes envolvidos na formação de rafts de membrana, já a partir do terceiro dia de diferenciação. Durante o terceiro dia de indução, genes envolvidos na regulação da diferenciação celular e em outros processos biológicos que precedem a diferenciação, como adesão celular, sinalização e resposta à fatores químicos externos já apresentaram aumento em sua expressão. O estudo da expressão gênica durante estes três primeiros dias revelou ainda a diminuição na expressão de genes envolvidos em processos biológicos de manutenção de metabolismo basal, degradação de RNA e organização do citoesqueleto, indicando assim que as mudanças celulares que levam a célula a entrar em diferenciação podem ter origem durante os três primeiros dias de tratamento osteogênico.Tese Atividade imunoestimulatória e anticâncer de galactanas sulfatadas de Caulerpa cupressoides var. flabellata(2019-05-24) Barbosa, Jefferson da Silva; Rocha, Hugo Alexandre de Oliveira; ; ; Langassner, Silvana Maria Zucolotto; ; Silva, Marcelo de Sousa da; ; Lima, Daniel Chaves de; ; Medeiros, Valquiria Pereira de;As algas marinhas são ricas fontes de compostos com propriedades farmacológicas. Dentre esses compostos, os polissacarídeos sulfatados (PS) se destacam por sua diversidade estrutural, pelo alto teor e por apresentarem grande potencial de uso em diversas atividades humanas. Por esses motivos, estudos com PS tem ganhado destaque na pesquisa biomédica. Assim, o objetivo desse trabalho foi caracterizar estruturalmente os PS de Caulerpa cupressoides var. flabellata e avaliar seu potencial imunoestimulatório e anticâncer, in vitro. Para tanto, os PS foram extraídos e caracterizados por espectroscopia de ressonância magnética nuclear (RMN). Além disso, seus efeitos imunoestimulatórios e anticâncer foram avaliados por meio da quantificação de diferentes mediadores inflamatórios em macrófagos murinos RAW 264.7, como também quanto aos seus efeitos inibitórios sobre marcadores de tumorigênese em células de melanoma murino B16-F10, respectivamente. As análises de RMN revelaram que as frações polissacarídicas de C. cupressoides são ricas em galactanas, constituídas por unidades de β-D-galactopiranoses sulfatadas e piruvatadas. Esses PS não apresentaram efeitos citotóxicos sobre nenhuma das linhagens normais testadas. Contudo, promoveram aumentos significativos na produção dos mediadores inflamatórios: óxido nítrico, espécies reativas de oxigênio e das citocinas TNF-α e IL-6. Com relação a atividade anticâncer, os PS inibiram a migração, a produção de melanina e a formação clonogênica em células B16-F10. Em conjunto, os resultados desse estudo mostraram que as galactanas sulfatadas de C. cupressoides podem desempenhar um potente efeito imunoestimulatório e anticâncer, com potenciais uso em novos produtos com aplicações biomédicas e biotecnológicas. Contudo, estudos adicionais devem ser realizados para elucidar os mecanismos celulares e moleculares envolvidos nas respostas observadas, bem como para verificar esses efeitos em outros modelos de estudo.Tese Characterization of RadA/Sms from Chromobacterium violaceum and discovery of a new episome(2016-09-23) Lima, Daniel Chaves de; Medeiros, Silvia Regina Batistuzzo de; ; ; Theodoro, Raquel Cordeiro; ; Souza, Jorge Estefano Santana de; ; Coutinho, Leonam Gomes; ; Farias, Sávio Torres de;Chromobacterium violaceum is a ß-proteobacteria commonly found around tropical and subtropical regions throughout the globe. It produces many metabolites with biotechnological properties such as antitumoral peptides, antibiotics and polymers that have potential to replace the oil-based ones. Although it has been extensively studied over the past 40 years, there are many aspects of C. violaceum that remains unclear until today. We have conducted a biochemical study on the homologous recombination (HR) machinery of C. violaceum, mainly in RecA and its paralog, RadA/Sms. We performed in vitro assays from initial and late steps of HR such as D-loop formation and branch migration, respectively, with their corresponding molecular actors and how RadA/Sms influenced each one. We observed cvRadA/Sms influences negatively D-loop formation promoted by cvRecA and through pull-down assay we have observed an interaction between these two proteins. We also observed the DNA-binding preference of cvRadA/Sms and cvRecA and observed that this protein binds preferentially to dsDNA instead ssDNA, unlike cvRecA. No involvement of cvRadA/Sms on branch migration reactions was detected. In this work, we also described, for the first time, the isolation, sequencing and annotation of a new plasmid from C. violaceum, which we named ChVi1 and has 44,236 base pairs, 39 predicted open reading frames (ORFs) and, possibly, two origins of replication. Most of the ORFs codes for hypothetical and structural bacteriophage proteins. By using restriction digestion and Next-generation sequencing (NGS) we also looked for the presence of a similar plasmid in other seven C. violaceum strains isolated from amazon region. Our analysis suggest the presence of a plasmid similar to ChVi1 in two of these strains. The present work describes for the first time a biochemical characterization of RadA/Sms and RecA from C. violaceum which have different roles in HR. Moreover, the discovery of ChVi1 opens a path to further explore C. violaceum’s biology.Tese Proteômica de Chromobacterium violaceum submetida à microgravidade simulada(2017-12-15) Santos, Jonathas Diego Lima; Medeiros, Silvia Regina Batistuzzo de; ; ; Lima, Daniel Chaves de; ; Santos, Elizeu Antunes dos; ; Souza, Gustavo Antonio de; ; Pfenning, Magnolia de Araújo Campos;Chromobcterium violaceum (C. violaceum) é uma bactéria Gram-negativa, encontrada em regiões tropicais e subtropicais, considerada organismo modelo de vida livre. Alguns estudos proteômicos realizados com esta bactéria demonstraram sua capacidade de adaptação a desafios ambientais, como alta concentração de ferro e exposição ao estresse oxidativo. No entanto, nenhum estudo foi feito com esta espécie submetida à microgravidade simulada (MGS), ou seja, em condições em que a gravidade é artificialmente reduzida para menos de 1xg. Estudos MGS podem ser importantes para entender as modulações em nível molecular sofridas pelos organismos vivos. Portanto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a resposta de C. violaceum, como organismo modelo de vida livre, cultivado em MGS, usando técnicas de proteômica para entender como a bactéria responde a esse estresse. A MGS foi conseguida por meio da rotação do vessel ao redor do eixo horizontal perpendicular ao vetor gravitacional nos sistemas de cultura de células rotativas - Rotating Cell Culture Systems – (RCCS4). MGS foi conduzido a uma velocidade de 40 rpm por um período de 12 horas para obter a curva de crescimento a cada 2 horas. Proteínas totais foram extraídas de amostras de cultura de células bacteriana coletada às 5 e 12 horas, correspondendo as fases exponenciais inicial (MG5) e tardia (MG12), respectivamente, tendo a curva de crescimento como referência. Após a tripsinização, as amostras foram analisadas em espectrômetro de massas Q-TOF. Como resultado um total de 212 proteínas durante às 5h de crescimento e 192 às 12h foram detectadas, das quais 144 delas foram comuns em ambos os períodos. No proteoma de C. violaceum obitido em 5h de crescimento 195 proteínas foram identificadas em gravidade normal (GN5) e 155 proteínas foram identificadas em MG5, sendo 18 upreguladas, 19 downreguladas e 17 expressas somente na condição de MG5. No proteoma obtido em 12h de crescimento, 165 proteínas foram identificadas em gravidade normal (GN12) e 173 em MG12, das quais, 17 foram upreguladas, 22 downreguladas e 28 expressas somente na condição de MG12 Além disso, foi possível identificar 25 proteínas com função desconhecida em MG5 e MG12. Utilizando ferramentas computacionais foi possível construir redes de interações proteína-proteína (PPI) e as sub-redes contendo grupo de proteínas com funções correlacionadas, analisar vias metabólicas, processos biológicos, contexto genômico e busca por domínios conservados e sequências homólogas de proteínas com função desconhecida. Como resultado, identificamos sub-redes relacionadas com a biossíntese de proteínas, regulação da transcrição e tradução, resposta ao estresse e metabolismo energético, concluímos que as respostas celulares associadas à expressão diferencial induzida pela MGS levaram à diminuição do crescimento de C. violaceum, acompanhado pela regulação negativa de proteínas relacionadas com processos transcricionais, traducionais e liberação de energia por vias aeróbicas e pela regulação positiva de proteínas envolvidas no estresse oxidativo, na via anaeróbica e na sobrevivência celular.Dissertação Resposta de Chromobacterium Violaceum cultivada em alta concentração de ferro(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2012-09-25) Lima, Daniel Chaves de; Medeiros, Sílvia Regina Batistuzzo de; ; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781004Y8; ; http://lattes.cnpq.br/3514844016734172; Lima, Lucymara Fassarela Agnez; ; http://lattes.cnpq.br/1083882171718362; Pirovani, Carlos Priminho; ; http://lattes.cnpq.br/9615448923708075A Chromobacterium violaceum é uma β-proteobactéria Gram-negativa encontrada amplamente em regiões tropicais e subtropicais, cujo genoma foi sequenciado em 2003 mostrando grande versatilidade metabólica e potencial biotecnológico e farmacêutico. Dada à grande quantidade de ORFs relacionadas com o metabolismo de ferro descritas no genoma da C. violaceum, a importância deste metal para diversos processos biológicos e devido à carência de dados a respeito das conseqüências do excesso do ferro em organismos de vida livre, é importante estudar o mecanismo de resposta desta bactéria em meio repleto com ferro. Trabalhos anteriores mostram que a C. violaceum apresenta resistência a grandes concentrações desse metal, embora ainda não tenha sido descrito qual mecanismo é utilizado para esta sobrevivência. Assim, visando elucidar a resposta da C. violaceum cultivada em alta concentração de ferro e esperando-se obter genes candidatos para serem utilizados em processos de biorremediação, o presente trabalho utilizou a abordagem de proteômica em shotgun e Biologia de Sistemas para avaliar a resposta de C. violaceum cultivada na presença e ausência de 9 mM de ferro. A análise identificou 531 proteínas, sendo 71 expressas exclusivamente pela bactéria cultivada na presença do metal e 100 apenas na condição controle. O aumento na expressão de proteínas relacionadas com o ciclo do TCA possivelmente representa uma reprogramação metabólica na bactéria causada pela grande concentração de ferro no meio. Além disso, foi observado um aumento no ensaio de atividade das enzimas Superóxido dismutase e Catalase, bem como no ensaio de Atividade Antioxidante Total, sugerindo que o metal está induzindo um quadro de estresse oxidativo em C. violaceum, que passou a aumentar os níveis de violaceína e enzimas antioxidantes para melhor se adaptar à condição emergente. Também faz parte da resposta adaptativa a alteração na expressão de proteínas relacionados a transporte, inclusive de ferro, e com a resposta quimiotáxica, o que levaria a bactéria a mudar a orientação de sua locomoção afastando-se do metal. Os dados de Biologia de Sistemas também sugerem uma reprogramação metabólica com mecanismos coordenados por gargalos proteicos envolvidos com transcrição (GreA), metabolismo energético (Rpe e TpiA) e metilação (AhcY)