Navegando por Autor "Oliveira, Thais Teixeira"
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TCC Alteração da expressão de genes relacionados a doenças neurodegenerativas em modelos inflamatórios tratados com inibidores de APE1(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2017) Oliveira, Thais Teixeira; Lima, Lucymara Fassarella Agnez; Lajus, Tirzah Braz PettaA inflamação no sistema nervoso pode levar a perturbação funcional e morte de neurônios quando se desenvolve de maneira crônica ou exacerbada, doenças de base infecciosa como Meningite, frequentemente causam complicações, associadas a espécies reativas de oxigênio (ERO) geradas durante a inflamação. Devido aos danos causados ao DNA por ERO e sua relação com a morte neuronal, o papel das vias de reparo de DNA e suas consequências durante processos inflamatórios vem sendo estudado. Nosso grupo observou que a ocorrência de polimorfismos em genes da via de reparo por excisão de bases, foi mais frequente em pacientes com meningite bacteriana, foram observados aumento na ocorrência de danos no DNA, redução dos níveis de citocinas e desbalanço na produção de anticorpos nesses pacientes. Visando investigar melhor o papel da enzima APE1 durante o processo inflamatório, nosso grupo estabeleceu um modelo de inflamação in vitro, utilizando linhagem de monócitos (U937) tratadas com lipopolissacarídeo (LPS) e posterior adição de inibidores específicos para funções da enzima APE1, E3330 e metoxiamina, e do antioxidante resveratrol. A partir desse modelo, foram obtidos os transcriptomas dos diferentes tratamentos. Dentre os genes diferencialmente expressos foram identificados vários genes envolvidos em vias de neurodegeneração. Foi observado que o tratamento com E3330 e resveratrol leva a redução de expressão de muitos genes mitocondriais envolvidos com a patogênese de doenças como Parkinson e Alzheimer.Dissertação Avaliação do efeito da inibição química das funções redox e reparo de APE1/Ref-1 sobre a transcrição gênica durante a inflamação(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2020-04-14) Oliveira, Thais Teixeira; Lima, Lucymara Fassarella Agnez; Oliveira, Riva de Paula; Pinto, Nadja Cristhina de SouzaA proteína APE1/Ref-1 possui dois domínios funcionais em mamíferos. O domínio N-terminal é capaz de reduzir fatores de transcrição, tais como NF-kB, AP-1 e HIF-1, aumentando a capacidades destes de ligação ao DNA e a expressão de seus genes alvos. Já o domínio C-terminal é responsável pela atividade de endonuclease de APE1/Ref-1, que atua no reparo de sítios apurínicos/apirimidínicos (AP) durante a via BER. Devido a suas várias funções, APE1/Ref-1 é um potencial alvo terapêutico estudado principalmente em relação ao câncer. Recentemente, foi demonstrado que a presença de 8-oxoG, principal lesão oxidada no DNA, nos promotores de alguns genes pode resultar na indução da expressão gênica na presença de OGG1 e APE1/Ref-1. Sendo assim, APE1/Ref-1 também regula a expressão gênica de maneira dependente da sua função de reparo. Porém, o papel de cada uma das funções de APE1/Ref-1 sobre a regulação transcricional ainda não está completamente elucidado. Em um trabalho anterior do nosso grupo, foi observado através de RNAseq, que a inibição da atividade de endonuclease de APE1/Ref-1 por metoxiamina altera a expressão de diversos genes durante a inflamação assim como diminui a expressão de citocinas e quimiocinas em monócitos pré-tratados com LPS. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa foi verificar quais outros genes têm sua expressão afetada pela inibição do reparo de sítios AP, assim como identificar através de ferramentas de bioinformática os possíveis reguladores e parceiros de APE1/Ref-1 nesta resposta. Para isso, o RNA-seq foi reanalisado utilizando ferramentas de bioinformática e bancos de dados atualizados. Adicionalmente, os genes diferencialmente expressos após o tratamento com metoxiamina foram analisados quanto às suas funções e aos possíveis reguladores de sua expressão. A análise do transcriptoma indicou que o tratamento com metoxiamina aumenta a expressão de genes relacionados à inibição da via mTORC1 e a poliubiquitinação de proteínas. Por outro lado, diminui a expressão de genes relacionados a progressão do ciclo celular, transcrição, expressão de genes mitocondriais, produção de prostaglandinas e sinalização via Toll-like independente de MyD88. Além disso, esses genes foram comparados com aqueles diferencialmente expressos após o tratamento com E3330 (inibidor específico da função redox) nas mesmas condições. Os principais reguladores dos genes comuns assim com seus alvos foram analisados quanto a sua expressão por meio de q-PCR e Western blot. Foi observado que tanto a função de reparo de APE1/Ref-1 quanto a função redox são capazes de diminuir a transcrição de genes alvos de NRF1, GABPA e ELK1. Esses genes estão relacionados à biogênese mitocondrial, processamento de rRNA e biogênese ribossomal. Além disso, foi observado que ambas as funções de APE1/Ref-1 diminuem de maneira semelhante a expressão de genes relacionados a biogênese mitocondrial, assim como também são capazes de diminuir a expressão de Myc. Por outro lado, a expressão de proteínas ribossomais foi principalmente afetada por E3330, enquanto a inibição do reparo de DNA foi capaz de diminuir a expressão do pré-rRNA 47S sem afetar o processamento deste RNA. Por fim, podemos concluir que ambas as funções de APE1/Ref-1 podem estar envolvidas na regulação de genes relacionados a biogênese mitocondrial, mas exercem papeis diferentes na regulação de genes relacionados ao processamento e transcrição do rRNA.Artigo Chemical inhibition of Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 Redox and DNA repair functions affects the inflammatory response via different but overlapping mechanisms(Frontiers, 2021) Oliveira, Thais Teixeira; Fontes-Dantas, Fabrícia Lima; Oliveira, Rayssa Karla de Medeiros; Pinheiro, Daniele Maria Lopes; Coutinho, Leonam Gomes; Silva, Vandeclecio Lira da; Souza, Sandro José de; Agnez-Lima, Lucymara FassarellaThe presence of oxidized DNA lesions, such as 7,8-dihydro-8-oxoguanine (8-oxoG) and apurinic/apyrimidinic sites (AP sites), has been described as epigenetic signals that are involved in gene expression control. In mammals, Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1/Redox factor-1 (APE1/Ref-1) is the main AP endonuclease of the base excision repair (BER) pathway and is involved in active demethylation processes. In addition, APE1/Ref-1, through its redox function, regulates several transcriptional factors. However, the transcriptional control targets of each APE1 function are not completely known. In this study, a transcriptomic approach was used to investigate the effects of chemical inhibition of APE1/Ref-1 redox or DNA repair functions by E3330 or methoxyamine (MX) in an inflammatory cellular model. Under lipopolysaccharide (LPS) stimulation, both E3330 and MX reduced the expression of some cytokines and chemokines. Interestingly, E3330 treatment reduced cell viability after 48 h of the treatment. Genes related to inflammatory response and mitochondrial processes were downregulated in both treatments. In the E3330 treatment, RNA processing and ribosome biogenesis genes were downregulated, while they were upregulated in the MX treatment. Furthermore, in the E3330 treatment, the cellular stress response was the main upregulated process, while the cellular macromolecule metabolic process was observed in MX-upregulated genes. Nuclear respiratory factor 1 (NRF1) was predicted to be a master regulator of the downregulated genes in both treatments, while the ETS transcription factor ELK1 (ELK1) was predicted to be a master regulator only for E3330 treatment. Decreased expression of ELK1 and its target genes and a reduced 28S/18S ratio were observed, suggesting impaired rRNA processing. In addition, both redox and repair functions can affect the expression of NRF1 and GABPA target genes. The master regulators predicted for upregulated genes were YY1 and FLI1 for the E3330 and MX treatments, respectively. In summary, the chemical inhibition of APE1/Ref-1 affects gene expression regulated mainly by transcriptional factors of the ETS family, showing partial overlap of APE1 redox and DNA repair functions, suggesting that these activities are not entirely independent. This work provides a new perspective on the interaction between APE1 redox and DNA repair activity in inflammatory response modulation and transcriptionArtigo Resveratrol decreases the expression of genes involved in inflammation through transcriptional regulation(2018-10-24) Pinheiro, Daniele Maria Lopes; Oliveira, Ana Helena Sales de; Coutinho, Leonam Gomes; Fontes, Fabrícia Lima; Oliveira, Rayssa Karla de Medeiros; Oliveira, Thais Teixeira; Faustino, André Luís Fonseca; Silva, Vandeclécio Lira da; Campos, Julliane Tamara Araújo de Melo; Lajus, Tirzah Braz Petta; Souza, Sandro José de; Agnez-Lima, Lucymara FassarellaOxidative stress generated during inflammation is associated with a wide range of pathologies. Resveratrol (RESV) displays anti-inflammatory and antioxidant activities, being a candidate for the development of adjuvant therapies for several inflammatory diseases. Despite this potential, the cellular responses induced by RESV are not well known. In this work, transcriptomic analysis was performed following lipopolysaccharide (LPS) stimulation of monocyte cultures in the presence of RESV. Induction of an inflammatory response was observed after LPS treatment and the addition of RESV led to decreases in expression of the inflammatory mediators, tumor necrosis factor-alpha (TNF-α), interleukin-8 (IL-8), and monocyte chemoattractant protein-1 (MCP-1), without cytotoxicity. RNA sequencing revealed 823 upregulated and 2098 downregulated genes (cutoff ≥2.0 or ≤−2.0) after RESV treatment. Gene ontology analysis showed that the upregulated genes were associated with metabolic processes and the cell cycle, consistent with normal cell growth and differentiation under an inflammatory stimulus. The downregulated genes were associated with inflammatory responses, gene expression, and protein modification. The prediction of master regulators using the iRegulon tool showed nuclear respiratory factor 1 (NRF1) and GA-binding protein alpha subunit (GABPA) as the main regulators of the downregulated genes. Using immunoprecipitation and protein expression assays, we observed that RESV was able to decrease protein acetylation patterns, such as acetylated apurinic/apyrimidinic endonuclease-1/reduction-oxidation factor 1 (APE1/Ref-1), and increase histone methylation. In addition, reductions in p65 (nuclear factor-kappa B (NF-κB) subunit) and lysine-specific histone demethylase-1 (LSD1) expression were observed. In conclusion, our data indicate that treatment with RESV caused significant changes in protein acetylation and methylation patterns, suggesting the induction of deacetylase and reduction of demethylase activities that mainly affect regulatory cascades mediated by NF-кB and Janus kinase/signal transducers and activators of transcription (JAK/STAT) signaling. NRF1 and GABPA seem to be the main regulators of the transcriptional profile observed after RESV treatment.