Navegando por Autor "Ourique, Gabriela Salvador"
Agora exibindo 1 - 2 de 2
- Resultados por página
- Opções de Ordenação
Tese Estudo in silico da interação da protease NS3-NS2B de diferentes Flavivirus com um inibidor peptídico(2018-08-08) Ourique, Gabriela Salvador; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto Laino; ; ; ; Oliveira, Jonas Ivan Nobre; ; Costa, José Alzamir Pereira da; ; Vasconcelos, Manoel Silva de; ; Freire, Valder Nogueira;Flaviviridae é uma grande família de patógenos virais responsáveis por diversas doenças e elevada taxa de mortalidade em todo mundo. Em destaque, a Dengue (DV), a Zika (ZV), a Febre do Nilo Ocidental (WNV), a Febre Amarela (FA), a Hepatite C (HC) e a Encefalite Japonesa (EJ), são as principais doenças infecciosas provocadas por membros dessa família. A maioria dessas infecções não possui vacinas comercializadas e nem drogas antivirais, sendo o tratamento apenas sintomático e de combate ao inseto vetor. Tais patógenos apresentam um genoma muito semelhante (INFORMAÇÃO SOLTA). Por esse motivo, muitos grupos de pesquisa se dedicam ao estudo de moléculas inibidoras específica da replicação viral. Considerando o avanço das atuais sofisticadas técnicas de modelagem molecular, aliadas aos crescentes trabalhos in vivo e in vitro, pretendemos nesta tese de doutorado estudar a inibição da protease NS3-NS2B de Flavivirus do tipo Dengue e Febre do Nilo Ocidental, destacando as semelhanças e diferenças entre os mecanismos de inibição das proteínas NS3 para cada vírus a partir da ligação de um inibidor eficaz. Especificamente, o inibidor tetrapeptídico Bz-Nle-LysArg-Arg-H tem sido apresentado na literatura como um potente inibidor da protease NS3 de diversos Flavivirus sendo, pois, uma estratégia inteligente para o tratamento de infeções causadas por esta família viral. Assim sendo, o presente trabalho objetivou estudar as interações do desse ligante junto ao sítio ativo para fornecer uma visão mais clara e aprofundada dessas interações. Para tal desenvolveu-se um estudo in silico, com utilização de cálculos de química quântica, baseada na Teoria do Funcional da Densidade (Density Functional Theory - DFT). A energia de interação de cada aminoácido do sítio de ligação, com o ligante foi calculada com base no método de fragmentação molecular com capas conjugadas (Molecular Fragmentation Method with Conjugated Caps - MFCC). Além da energia, foram determinadas as distâncias, tipos de interações moleculares e grupos atômicos envolvidos. Os resultados parciais para estes Flavivirus demonstraram que o inibidor possui uma boa afinidade com o sítio ativo da protease NS3-NS2B de ambos; sendo, portanto, um bom candidato a tratamento antiviral específico aos Flavivirus. O trabalho também apresentou a lista dos resíduos mais importantes para a ligação inibidor-receptor, i.e., os resíduos de aminoácidos que mais contribuem e os que menos favorecem a esta interação.Dissertação Estudo in silico das interações da protease NS3-NS2B de DENV-2 com o inibidor peptídico Bz-nKRR-H com finalidades terapêuticas(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2014-07-18) Ourique, Gabriela Salvador; Albuquerque, Eudenilson Lins de; Fulco, Umberto Laino; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; ; http://lattes.cnpq.br/3594651355252245; ; http://lattes.cnpq.br/0446354669574845; Fulco, Umberto Laino; ; http://lattes.cnpq.br/9579151361576173; Freire, Valder Nogueira; ; http://lattes.cnpq.br/8647922327100953Dengue (DENVE) é um importante vírus patógeno pertencente ao gênero Flavivirus. O genoma do vírus da Dengue, é constituído de RNA envelopado de fita simples e sentido único (+), possui aproximadamente 10.7-11 Kb. O RNA de DENV é traduzido como uma única poliproteína. Esta poliproteína, é traduzida em 3 proteínas estruturais (C, prM e E) e 7 não estruturais (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5). A proteína NS3 é uma proteína multifuncional que além de promover o processamento da poliproteína do genoma viral, também possui atividade helicásica, NTPásica e RTPásica. A NS3 precisa de cerca de 40 resíduos da proteína NS2B (que age como cofator) para realizar suas atividades. Os tratamentos de DV atuais são principalmente sintomáticos, não existem vacinas eficazes aprovadas e comercializadas, nem drogas antivirais disponíveis para proteger ou curar a doença da dengue. O inibidor tetrapeptídico Bz-Nle-Lys-Arg-Arg-H, (com Ki de 5,8-7,0 μM) tem sido apresentado na literatura como um potente inibidor da protease NS3 em DV. Sendo uma estratégia inteligente para o tratamento da Dengue. O presente trabalho objetivou estudar as interações do ligante junto ao sítio ativo para fornecer uma visão mais clara e aprofundada dessas interações. Para tal desenvolveu-se um estudo in silico, com utilização de cálculos de mecânica quântica, baseada na Teoria do Funcional da Densidade (DFT), com aproximações do Gradiente Generalizado (GGA) para descrição dos efeitos de correlação e troca. A energia de interação de cada aminoácido do sítio de ligação, com o ligante foi calculada com base no método de fragmentação molecular com capas conjugadas (MFCC). Além da energia, foram calculadas as distâncias, tipos de interações moleculares e grupos atômicos envolvidos. Os modelos teóricos utilizados foram satisfatórios e demonstraram uma descrição mais precisa com a utilização da constante dielétrica ε=20 e 80. Os resultados demonstram que a energia de interação do sistema atingiu a convergência em 13,5A. Dentro desse raio de interação os resíduos mais importantes foram identificados. Met49, Met84 e Asp81 realizam interações de hidrogênio. Os resíduos Asp79 e Asp75 apresentam elevada energia de atração. Já resíduos como Arg54, Arg85 e Lys 131 realizam interações de hidrogênio próximas com o ligante, porém, aparecem no gráfico do BIRD possuindo elevada energia de repulsão com o inibidor. Os resultados também destacam a importância do resíduo Tyr161 e o envolvimento da tríade catalítica constituída por Asp75, Ser135 e His51.