Navegando por Autor "Silva, Camila Rayane Pereira da"
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TCC Análises in silico da sequência SEC14 de cana-de-açúcar para floração(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2016-11-07) Silva, Camila Rayane Pereira da; Scortecci, Katia Castanho; Lima, João Paulo Matos Santos; Barreto, Kellya Francisca MendonçaA floração é considerada um processo chave, o meio pelo qual ocorre a reprodução das plantas. Apesar de amplamente estudada em modelos vegetais, os mecanismos envolvendo a floração em cana-de-açúcar ainda não são bem conhecidos. Em estudos anteriores, foi identificada por homologia a sequência de DNA complementar (cDNA) da proteína SEC14, sendo essa um potencial repressor do processo de floração. Tal proteína é conhecida por sua atuação no tráfego de fosfatidilinositol e fosfatidilcolina, além de estar associada à formação de vesículas secretoras. Visando compreender o papel dessa proteína no processo de floração em cana-deaçúcar, a sequência da proteína SEC14 de cana-de-açúcar foi utilizada para realizar buscas por sequências homólogas em outros organismos, bem como para a construção de interatomas. Também houve a busca de potenciais sítios regulados por microRNAs (miRNAs) e fatores de transcrição, obtenção do padrão de expressão da SEC14 em tecidos vegetais e outras análises in silico. Os resultados obtidos mostraram identidades superiores a 85% da proteína SEC14 de cana-de-açúcar com suas homólogas e uma separação de sequências entre as monocotiledôneas e eudicotiledôneas nas análises filogenéticas. Os interatomas sugerem uma provável atuação dessa sequência na biossíntese de fosfatidilcolina. Os dados das análises de miRNAs mostraram que a sequência pode ter regulação por eles, desempenhando assim um papel regulatório em gramíneas e participando na formação do meristema axilar e desenvolvimento foliar para A. thaliana. As análises das regiões promotoras apresentaram uma regulação pelos fitormônios, pelas proteínas PHYA e PHYB, desenvolvimento do gametófito feminino, parede celular, órgãos florais e relação com o Ácido abscísico (ABA). Todas essas análises in silico e os resultados de Reação em Cadeia da Polimerase Quantitativa em Tempo Real (qPCR) reforçam o potencial papel dessa sequência no processo de floração em plantas de cana-de-açúcar, sendo assim um alvo para o melhoramento genético.Dissertação Caracterização in silico e análise de uma sequência homóloga à sec14 em angiospermas(2019-06-07) Silva, Camila Rayane Pereira da; Scortecci, Katia Castanho; ; ; Golbert, Daiane Cristina Ferreira; ; Calsa Júnior, Tercilio;O Brasil é o maior produtor mundial de cana-de-açúcar. Todas as partes dessa cultura são aproveitadas e usadas como matriz energética para produção não somente do açúcar, mas também de biocombustíveis e outros produtos. Os estudos moleculares com cana-de-açúcar se desenvolvem de forma lenta devido a sua complexidade genômica, possuindo elevada ploidia, contudo a descoberta de novos genes que possam atuar em processos chave desse organismo é valiosa para futuras contribuições à indústria sucroalcooleira. Este trabalho teve como objetivo caracterizar uma sequência homóloga a PROTEÍNA DE TRANSFERÊNCIA DE FOSFATIDILINOSITOL/FOSFATIDILCOLINA - SEC14 (PHOSPHATIDYLINOSITOLPHOSPHATIDYLCHOLINE TRANSFER PROTEIN - SEC14) em cana-de-açúcar que foi identificada em estudos anteriores em bibliotecas subtrativas para o processo de florescimento. A caracterização in silico foi feita por análise funcional do gene, construção de redes de interação proteína-proteína, filogenia, dinâmica molecular do modelo tridimensional da proteína e análise de co-expressão. Ademais, foi realizado um ensaio de expressão por RTqPCR em tecidos vegetais para variedades tardia e precoce, bem como, em tecidos vegetais submetidos à estresses hídrico, oxidativo e por inserção de sulfato de cálcio, além da análise de expressão em diferentes tecidos da planta (folha e raiz). Os resultados obtidos por meio das ferramentas de bioinformática mostram a existência do domínio CRAL-TRIO, que está presente em todas as sequências homólogas, essencialmente na mesma posição, revelando alta conservação da sequência SEC14 em plantas. A árvore filogenética sugere que há prováveis duplicações da proteína SEC14 em plantas. O modelo tridimensional apresenta um provável bolso hidrofóbico para ligação de lipídios, descritos em outros modelos de SEC14 consolidados, sugerindo uma conservação estrutural e que foi confirmado pela dinâmica molecular. Ainda foi verificado, por meio da simulação, um domínio ainda desconhecido no modelo proposto por homologia de SEC14. Os dados de expressão revelam que o gene SEC14 se apresentou diferencialmente expresso entre as variedades precoce e tardia. Além disso, foi verificado que a expressão foi maior em raízes quando comparado com o tecido foliar. Também foi observado que não houve diferença significativa de expressão nostecidos foliares de plantas submetidas ao estresse hídrico e oxidativo, provavelmente devido ao estágio juvenil. Uma outra análise de expressão realizada foi com um material de campo tratado com cálcio, onde não observamos diferença na expressão, mostrando que a SEC14 não foi responsiva para as condições analisadas. Por fim, este estudo fornece informações para um melhor entendimento de como o gene/proteína de SEC14 atua em cana-de-açúcar. Revelam novos saberes sobre estrutura tridimensional dessa proteína nessa cultura e traz novas perspectivas para os estudos moleculares com plantas de interesse econômico como a cana-de-açúcar.