Navegando por Autor "Spelta, João Victor Villas Bôas"
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Dissertação Predição de efeitos de variantes de nucleotídeo único relacionadas à determinação sexual em Carica papaya L. (Caricaceae)(Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2024-09-30) Spelta, João Victor Villas Bôas; Sakamoto, Tetsu; Lúcio, Paulo Sérgio Marinho; http://lattes.cnpq.br/8301201882084757; https://orcid.org/0000-0003-3023-0117; http://lattes.cnpq.br/1342530085695810; http://lattes.cnpq.br/2465705279643305; Pereira, Welison Andrade; Lima, João Paulo Matos SantosO mamão (Carica papaya L.) produz um dos frutos mais consumidos ao redor do mundo constituindo alta importância econômica, principalmente nas regiões tropicais. O comércio do mamão se utiliza majoritariamente de cultivares gino-dioicos com uma proporção de 1:1 ou 2:1 de hermafroditas e fêmeas. Por motivações comerciais e também inerentes ao cultivo, é desejável a maior quantidade de hermafroditas possível. De forma geral, ainda não é possível produzir apenas sementes hermafroditas, portanto, o sexo da planta é identificado, normalmente, por métodos convencionais após a primeira floração do mamoeiro. Essa ocorre cerca de 4-6 meses depois do plantio da muda, sendo costumeiro o descarte das fêmeas no final. Visando evitar desperdícios de recursos e um rendimento maior da colheita, os produtores também podem recorrer a métodos moleculares por meio de marcadores sexuais. Entretanto, essa alternativa também possui suas limitações, entre elas, o custo elevado. Tendo em vista as adversidades citadas, muitos pesquisadores empenharam-se a estudar o processo de determinação do fenótipo sexual em C. papaya, mas os fatores atuantes diretamente nesse processo permanecem desconhecidos. A elucidação desse mecanismo além de ser de grande interesse agronômico, também se caracteriza como uma grande oportunidade para C. papaya se consolidar como modelo de estudo para pesquisas acerca de cromossomos sexuais de origem recente na história evolutiva. Portanto, neste trabalho, procurou-se utilizar de ferramentas de bioinformática para aprofundar na questão da determinação sexual. Realizou-se um estudo de associação entre genótipos e fenótipos para encontrar possíveis fatores genéticos envolvidos na determinação sexual a partir de dados de resequenciamento de 36 indivíduos (24 mamoeiros machos e 12 hermafroditas) obtidos em bancos de dados públicos. O estudo de associação foi precedido por uma chamada de variantes realizada através do software BCFTOOLS, que encontrou 75.607 variantes, restando 37.027 após as filtragens. Foram então realizados estudos de associação utilizando o programa PLINK com as variantes já filtradas e dentre essas, 251 das mais significativas foram submetidas ao programa SnpEff para anotação das variantes, retornando 449 efeitos, entre eles, 402 com nível de impacto modificador, 22 com impacto leve e 25 de efeito moderado. Realizou-se também inferências e anotações dos genes a partir do software Augustus e buscas por similaridade através do BLASTP com as sequências dos genes que tiveram efeitos moderados preditos pelo SnpEff, assim como, montagens de novo do genoma de uma amostra macho e seu mapeamento com a região determinante do sexo hermafrodita. Seus resultados foram registrados e comparados com o que já foi realizado na literatura. Isso permitiu concluir que os resultados obtidos constituem um ponto de partida para estudos mais robustos na compreensão dos mecanismos moleculares da determinação sexual em C. papaya.