Dinâmica espacial das variantes Zeta, Gamma, Delta e Omicron BA.1 do SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Norte
dc.contributor.advisor | Araújo, Joselio Maria Galvão de | |
dc.contributor.advisor-co1 | Gomes, Ighor Leonardo Arantes | |
dc.contributor.advisorID | https://orcid.org/0000-0003-3548-2786 | pt_BR |
dc.contributor.advisorLattes | http://lattes.cnpq.br/6430774978643765 | pt_BR |
dc.contributor.author | Dantas, Maria Eduarda Pessoa Lopes | |
dc.contributor.authorLattes | http://lattes.cnpq.br/5063854019886230 | pt_BR |
dc.contributor.referees1 | Bentancor, Gonzalo José Bello | |
dc.contributor.referees2 | Lima, João Paulo Matos Santos | |
dc.date.accessioned | 2024-05-13T10:54:35Z | |
dc.date.available | 2024-05-13T10:54:35Z | |
dc.date.issued | 2024-02-29 | |
dc.description.abstract | The Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), initially detected in December 2019 in Wuhan, China, is the etiological agent of a pandemic responsible for over 6.5 million deaths worldwide. Brazil accounts for approximately 700 thousand of these deaths, recording its highest lethality rates during the spread of the Gamma variant. In the state of Rio Grande do Norte, the circulation of the Gamma, Delta, and Omicron variants coincided with peaks in the number of cases. To understand the spatial dynamics of concern variants in Rio Grande do Norte, phylogenetic techniques with a maximum-likelihood statistical framework were applied to a dataset consisting of complete genomes between November 2020 and March 2022, representing a significant fraction (>70%) of the total genomes in Rio Grande do Norte (NTOTAL=1706). The epidemiological profile of the epidemic in the state showed that the Gamma period coincided with peaks in the number of cases, deaths, and lethality (~4%). Phylogenetic analysis revealed a large number of introductions, with 100% from other Brazilian states during the Zeta and Delta periods, 98% from other Brazilian states and 2% from other countries during the Gamma period, while in Omicron, there were 36% from other countries and 64% from Brazil. In internal circulation between immediate regions, Natal stands out as the main source in all lineages. Therefore, with the resumption of urban mobility and early vaccination, the Zeta, Gamma, Delta, and Omicron variants in Rio Grande do Norte established multiple simultaneous transmission networks, reaching all regions of the state, overwhelming the local healthcare system, and increasing infection cases. Given the continuous circulation of the SARS-CoV-2 in the country and the possibility of new viral emergencies, understanding the local dynamics of viral dissemination is an essential tool for improving epidemic prevention, response, and control strategies, highlighting the importance of vaccination, epidemiological surveillance, and preparedness of the healthcare system to face future challenges. | pt_BR |
dc.description.resumo | O coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2), detectado inicialmente em dezembro de 2019 em Wuhan, China, é o agente etiológico de uma pandemia responsável por mais de 6,5 milhões de mortes em todo o mundo até março de 2022. O Brasil abarca aproximadamente 700 mil dessas mortes, registrando seus maiores índices de letalidade durante a disseminação da variante de preocupação Gamma. No estado do Rio Grande do Norte, a circulação das variantes Gamma, Delta e Omicron coincidiram com altas no número de casos. Para compreender a dinâmica espacial das variantes de preocupação no Rio Grande do Norte, técnicas filogenéticas com um arcabouço estatístico de máximaverossimilhança foram aplicadas a um conjunto formado por genomas completos entre novembro de 2020 e março de 2022 que representassem uma fração significativa (>70%) do total de genomas do Rio Grande do Norte (NTOTAL=1706) neste período. O perfil epidemiológico da epidemia no estado demonstrou que o período da Gamma coincidiu com o pico no número de casos, óbitos e letalidade (~4%). A análise filogenética revelou um grande número introduções, sendo 100% de outros estados brasileiros durante o período da Zeta e Delta, 98% de outros estados brasileiros e 2% de outros países na Gamma, enquanto na Ômicron houveram 36% de outros países e 64% do Brasil. Já na circulação interna entre as regiões imediatas, Natal se destaca como principal origem em todas as linhagens. Sendo assim, com a retomada da mobilidade urbana e vacinação incipiente, as variantes Zeta, Gamma, Delta e Omicron no Rio Grande do Norte estabeleceram múltiplas redes de transmissão simultâneas, atingindo todas as regiões do estado, sobrecarregando o sistema de saúde local, e elevando os casos da infecção. Diante da circulação contínua do vírus SARS-CoV-2 no país e a possibilidade de novas emergências virais, a compreensão da dinâmica local de disseminação viral é uma ferramenta essencial para o aprimoramento das estratégias de prevenção, resposta e controle de epidemias, destacando a importância da vacinação, vigilância epidemiológica e preparo do sistema de saúde para enfrentar desafios futuros. | pt_BR |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES | pt_BR |
dc.identifier.citation | DANTAS, Maria Eduarda Pessoa Lopes. Dinâmica espacial das variantes Zeta, Gamma, Delta e Omicron BA.1 do SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Norte. Orientador: Dr. Josélio Maria Galvão de Araújo. 2024. 88f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) - Centro de Biociências, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2024. | pt_BR |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufrn.br/handle/123456789/58312 | |
dc.language | pt_BR | pt_BR |
dc.publisher | Universidade Federal do Rio Grande do Norte | pt_BR |
dc.publisher.country | Brasil | pt_BR |
dc.publisher.initials | UFRN | pt_BR |
dc.publisher.program | PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM BIOLOGIA PARASITÁRIA | pt_BR |
dc.rights | Acesso Aberto | pt_BR |
dc.subject | SARS-CoV-2 (vírus) - Rio Grande do Norte | pt_BR |
dc.subject | Dinâmica espacial de disseminação viral | pt_BR |
dc.subject | Variantes de preocupação (SARS-CoV-2) | pt_BR |
dc.subject | Filogeografia | pt_BR |
dc.subject | Biologia parasitária | pt_BR |
dc.subject.cnpq | CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS | pt_BR |
dc.title | Dinâmica espacial das variantes Zeta, Gamma, Delta e Omicron BA.1 do SARS-CoV-2 no Estado do Rio Grande do Norte | pt_BR |
dc.type | masterThesis | pt_BR |
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