Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24818
Title: CajaDB: uma plataforma para dados moleculares de Sagui comum (Callithrix jacchus) e análises de transcriptoma
Other Titles: CajaDB: a database of common marmosets (Callithrix jacchus) and transcriptomics analysis
Authors: Nogueira, Viviane Brito
Keywords: Bioinformática;Transcriptômica;Diferenças sexuais;Lateralidade
Issue Date: 14-Dec-2017
Citation: NOGUEIRA, Viviane Brito. CajaDB: CajaDB: uma plataforma para dados moleculares de Sagui comum (Callithrix jacchus) e análises de transcriptoma. 2017. 53f. Dissertação (Mestrado em Ciências Da Saúde) - Centro ee Ciências da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2017.
Abstract: Common marmoset (Callithrix jacchus), a small New World monkey, has been widely used as a biological model not only to elucidate brain dysfunction in neuropsychiatric disorders, but also for deciphering neural circuits involved in human social behaviors. In this regard, the availability of gene expression data derived from next-generation sequencing (NGS) technologies represents an opportunity for deeper studies on the genetic and epigenetic architecture of this species. One of the frontiers in neuroscience field requires handling omics large-scale data sets for connecting molecular pathways to nervous system behavior. To make these omics datasets more accessible for the scientific community without a solid bioinformatics background, we have created CajaDB, a database that provides a friendly interface for genomic, expression and alternative splicing data, including tools for biological analyses. Using the processed data two analysis were conducted: (1) Differential expression between right and left hemispheres, once lateralization is a crucial aspect of the functional brain architecture for cognitive abilities. It was found 49 differentially expressed genes, where 24 genes had left hemisphere bias and 25 genes had right hemisphere bias. (2) Sex-biased gene expression with focus in frontal comparing to humans. It was found that genes whose expression is male biased are conserved between marmosets and humans and enriched with "housekeeping" functions. On the other hand, female-biased genes are more related to neural plasticity functions involved in remodeling of synaptic circuits, stress cascades and visual behavior. Based on knowledge of dimorphic social behavior of male and female common marmosets we discuss that these differences might be linked to neuronal circuitry underlying the expression of the adaptive strategies in each sex and related to survival and reproductive behavior traits. Hence, it is expected that data available in the webpage associated with available biological tools will facilitate generation of hypotheses and interpretation of results on brain functioning, facilitating improvements in neurological diseases treatment in the future. CajaDB is available at cajadb.neuro.ufrn.br.
Portuguese Abstract: O sagui comum (Callithrix jacchus), um pequeno primata de novo mundo, tem sido amplamente empregado como modelo biológico, não apenas para decifrar disfunções em transtornos neuropsiquiátricos como também para compreender circuitos neurais envolvidos no comportamento social humano. A este respeito, a disponibilidade de dados de expressão gênica advindos de tecnologias nextgeneration sequencing (NGS) representam uma oportunidade para novos estudos aprofundados na genética e na epigenética desta espécie. Uma das fronteiras na neurociência é manusear esses dados em larga escala a fim de conectar vias moleculares ao comportamento do sistema nervoso. Para tornar esses dados mais acessíveis para a comunidade científica sem formação em bioinformática, foi criado o CajaDB, um banco de dados que fornece uma interface web para dados de genômica, expressão gênica e splicing alternativo, incluindo ferramentas para análises biológicas. Com os dados processados para esta plataforma foram realizadas duas análises distintas: (1) Expressão diferencial de genes nos hemisférios direito e esquerdo, uma vez que lateralização é um aspecto crucial do funcionamento da arquitetura cerebral para habilidades cognitivas, onde foram encontrados 49 genes diferencialmente expressos, sendo 24 para o hemisfério esquerdo e 25 para o hemisfério direito; (2) Expressão diferencial de genes entre machos e fêmeas, com foco em córtex frontal e comparação com dados equivalentes de humanos. Neste último caso, foi verificado que genes com expressão enviesada para machos são conservados e enriquecidos para funções de manutenção celular. Já genes com expressão enviesada para fêmea foram relacionados a funções de plasticidade neural, envolvidos com remodelamento dos circuitos sinápticos, cascatas de estresse e comportamento visual. Com base em conhecimentos sobre dimorfismo comportamental entre sexos de saguis, é sugerido que estas expressões diferenciais podem estar relacionadas a determinadas circuitarias neurais associadas às estratégias adaptativas de sobrevivência e reprodução para cada sexo. Diante do exposto, espera-se que os dados disponíveis no banco de dados associados às ferramentas biológicas disponíveis facilitem a geração de hipóteses e a interpretação de resultados sobre o funcionamento cerebral nesta espécie que é um modelo biológico largamente utilizado, abrindo perspectivas de investigação e desenvolvimento de novos tratamentos para doenças neuropsiquiátricas no futuro. CajaDB está disponível em cajadb.neuro.ufrn.br.
URI: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/24818
Appears in Collections:PPGCSA - Mestrado em Ciências da Saúde

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
CajaDBPlataformaDados_Nogueira_2017.pdf2,96 MBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.