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Title: Transcriptogramer: pacote em R para análise transcricional
Authors: Morais, Diego Arthur de Azevedo
Keywords: Software;Análise transcricional;Biologia de sistemas;Interação proteína-proteína;Associação funcional;Transcriptograma
Issue Date: 29-Jun-2018
Citation: MORAIS, Diego Arthur de Azevedo. Transcriptogramer: pacote em R para análise transcricional. 2018. 72f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2018.
Abstract: The transcriptogram, a method used on transcriptomes analysis, uses protein-protein interaction data to build an ordered gene list. On this list, genes are placed such that the probability of interaction between its products exponentially decreases with the increase of the distance between its positions. The ordered gene list is then used to calculate the average expression value of functionally associated genes in a window with settable radius, allowing the differential expression of non-predefined gene sets in case-control studies. This study aims to implement an R package that uses transcriptograms and integrates features from packages known by the scientific community, able to perform: differential expression, functional enrichment, and network visualization. The transcriptogramer package was implemented and is available at Bioconductor, a repository for open source softwares developed in the R language for use in bioinformatics. In a comparison between the transcriptogramer and a pipeline combining features from limma and topGO packages, was noticed that the transcriptogramer identified nearly 10 times more Gene Ontology terms significantly enriched, among which most of the terms identified by the conventional pipeline were found.
Portuguese Abstract: O transcriptograma, um método utilizado na análise de transcriptomas, utiliza dados de interação proteína-proteína para construir uma lista ordenada de genes. Nesta lista, genes são posicionados de forma que a probabilidade de interação entre seus produtos decaia exponencialmente com o aumento da distância entre suas posições. A lista ordenada de genes é então utilizada para calcular o valor de expressão médio de genes funcionalmente associados numa janela com raio configurável, permitindo a expressão diferencial de grupos gênicos não pré-definidos em estudos caso-controle. O objetivo deste estudo é a implementação de um pacote em R que use transcriptogramas e integre funcionalidades de pacotes já conhecidos pela comunidade científica, capaz de realizar: expressão diferencial, enriquecimento funcional, e visualização de rede. O pacote transcriptogramer foi implementado e encontra-se disponível no Bioconductor, um repositório para softwares open source desenvolvidos na linguagem R para utilização em bioinformática. Numa comparação entre o transcriptogramer e um pipeline combinando funcionalidades dos pacotes limma e topGO, observou-se que o transcriptogramer identificou aproximadamente 10 vezes mais termos do Gene Ontology significativamente enriquecidos, dentre os quais foram encontrados a maioria dos termos identificados pelo pipeline convencional.
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