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Título: Caracterização do gene 18S rRNA em parasitos do grupo Apicomplexa: uma abordagem aplicada à seleção de marcadores moleculares
Autor(es): Pinheiro, Sthephanie Nassif
Palavras-chave: Semi-nested-PCR;Toxoplasma gondi;Plasmodium;Diagnóstico molecular
Data do documento: 26-Set-2018
Citação: PINHEIRO, Sthephanie Nassif. Caracterização do gene 18S rRNA em parasitos do grupo Apicomplexa: uma abordagem aplicada à seleção de marcadores moleculares. 2018. 76f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2018.
Resumo: The Apicomplexa group comprises protozoa that cause globally distributed diseases such as malaria, toxoplasmosis, or opportunistic intestinal disorders. The major protozoa of medical importance are usually identified by light microscopy, which makes it difficult the precise diagnosis especially in cases where parasitemia is low. In this context, the present work had as objective to develop an alternative molecular method, that allows the identification of a wide variety of protozoa of the group Apicomplexa. Thus, a primer system was developed for use in a semi-nested PCR (Polymerase Chain Reaction). The investigated target for primer design was the 18S rRNA gene, as it is a widely used target for species identification and screening in biodiversity studies. From the sequence analysis and characterization of potential formation of secondary structures, sets of primers that anneal in conserved regions flanking variable regions of the gene were designed. The efficiency of each primer set was evaluated by in silico PCR. A set of primers that can generate ~ 166 amplicons was selected, to be used in a nested reaction. These primers can be used to discriminate genus and species of Apicomplexa by difference in agarose gel size and by sequencing. The proposed method was validated in vitro and its efficiency in the identification of some protozoan species of medical interest was confirmed. After additional validation steps, this method can be used for initial screening in cases of suspected es and also for determination of different species of parasites.
metadata.dc.description.resumo: O grupo Apicomplexa compreende protozoários causadores de deonças mundialmente distribuídas como malária, toxoplasmose ou distúrbios intestinais oportunistas. Ainda nos dias de hoje, os principais protozoários de importância médica geralmente são identificados por microscopia óptica, o que dificulta a classificação precisa e o diagnóstico dos pacientes principalmente nos casos em que a parasitemia é baixa. Nesse contexto, o presente trabalho teve como objetivo desenvolver um método molecular alternativo que possibilite a identificação de ampla variedade de protozoários do grupo Apicomplexa. Foi desenvolvido um sistema de primers para utilização em uma reação de PCR (Polymerase Chain Reaction) em duas etapas (semi-nested PCR). O alvo investigado para o desenho de primers foi o gene 18S rRNA, por ser um alvo amplamente utilizado para screening e identificação de espécies em estudos de biodiversidade. A partir da análise da sequência e caracterização de potencial formação de estruturas secundárias, foram desenhados conjuntos de primers que se anelam em regiões conservadas e flanqueiam regiões variáveis no gene. A eficiência de cada conjunto de primers foi avaliada por PCR in silico. Foi selecionado um conjunto de primers que, quando usado de forma aninhada, pode gerar ~166 amplicons com sequências distintas, que podem ser usados para discriminar gêneros e espécies de Apicomplexa por diferença no tamanho em gel de agarose e por sequenciamento. O método proposto foi validado in vitro e sua eficiência na identificação de algumas espécies de protozoários de interesse médico foi confirmada. Após etapas adicionais de validação, esse método poderá ser utilizado para triagem inicial em casos de suspeita de es e também para determinação de diferentes espécies de parasitos.
URI: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/26491
Aparece nas coleções:PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática

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