Please use this identifier to cite or link to this item: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/27187
Title: neoANT:HILL: uma ferramenta integrada para a detecção de potenciais neoantígenos
Authors: Coêlho, Ana Carolina Miranda Fernandes
Keywords: Neoantígenos;Câncer;Mutações somáticas;Células T;Moléculas de HLA;Análises imunogenômicas
Issue Date: 18-Apr-2019
Citation: COÊLHO, Ana Carolina Miranda Fernandes. neoANT:HILL: uma ferramenta integrada para a detecção de potenciais neoantígenos. 2019. 59f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2019.
Portuguese Abstract: Nos últimos anos, os neoantígenos têm gerado grande interesse na imunoterapia devido à sua capacidade de desencadear respostas imunológicas antitumorais. Os neoantígenos surgem como consequências de mutações somáticas especificas e podem ser apresentados, pelas moléculas de HLA, na superfície das células tumorais e reconhecidos pelas células T como moléculas não-próprias. Diversos estudos indicaram resultados promissores quanto ao uso dos neoantígenos em diferentes abordagens imunoterapêuticas. No entanto, a identificação precisa dos neoantígenos ainda permanece um desafio. Portanto, o objetivo do presente trabalho foi desenvolver uma ferramenta computacional que integre análises imunogenômicas individuais, porém, fundamentais para a identificação de potenciais neoantígenos. Foram utilizados dados de RNA-seq do projeto GEUVADIS e dados de mutações somáticas provenientes de melanoma do projeto TCGA para auxiliar na validação do pipeline desenvolvido. Como resultado, obteve-se a ferramenta, denominada neoANT-HILL, desenvolvida na linguagem de programação Python e, disponível por meio de uma interface gráfica amigável e interativa. A ferramenta utiliza dados provenientes do sequenciamento genômico ou exômico e/ou dados de RNA-Seq para a execução das análises imunogenômicas disponíveis. A integração dos resultados auxiliam na identificação precisa de potenciais neoantígenos candidatos à imunoterapia.
Abstract: In recent years, neoantigens have generated great interest in immunotherapy due to its ability to elicit antitumor immune responses. Neoantigens arise from specific somatic mutations and it can be present by HLA molecules on the surface of tumor cells and recognized by T cells as non-self molecules. Several studies have indicated promising results in the use of neoantigens in different immunotherapeutic approaches. However, the precise identification of neoantigens remains challenging. Therefore, the aim of the present work was developing a computational tool that integrates the individual immunogenetics analyses, which are fundamental for the identification of potential neoantigens. RNA-seq data from GEUVADIS project and melanoma mutation data obtained from the TCGA to validate the developed pipeline. As a result, we developed a tool, called neoANT-HILL, in Python programming language and available through a friendly and interactive graphical user interface. Data from the whole genome or exome sequencing and/or RNA-Seq data are used for performing the immunogenomic analyzes. The integration of the results allows the identification of potential neoantigens candidates for immunotherapy.
URI: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/27187
Appears in Collections:PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
neoANT:HILLferramenta_Coelho_2019.pdf1,92 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.