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Title: Metagenoma do músculo caudal de um exemplar do camarão Penaeus vannamei infectado pelo vírus da síndrome da mancha branca
Authors: Soares, Paulo Eduardo Toscano
Keywords: Camarão da pata branca;Microbiota;Metagenômica shotgun;WSSV;Metagenômica viral
Issue Date: 11-Mar-2019
Citation: SOARES, Paulo Eduardo Toscano. Metagenoma do músculo caudal de um exemplar do camarão Penaeus vannamei infectado pelo vírus da síndrome da mancha branca. 2019. 82f. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Instituto Metrópole Digital, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal, 2019.
Portuguese Abstract: O camarão de patas brancas (Penaeus vannamei) é a espécie mais cultivada na aquicultura mundial. O cultivo comercial geralmente ocorre em densidades altas, o que pode resultar na seleção de patógenos virulentos e surtos de doenças. Assim, estratégias de monitoramento da microbiota nos cultivos tornam-se necessárias e, neste contexto, o uso de metagenômica tem sido sugerido na aquicultura. A metagenômica shotgun é capaz de recuperar a informação genômica do hospedeiro e microbiota associada, incluindo vírus, permitindo descobrir sua composição taxonômica e funcional. Neste estudo foram analisados dados de sequenciamento shotgun do músculo caudal de um espécime de P. vannamei infectado pelo vírus da síndrome da mancha branca (WSSV), com o intuito de prospectar sequências e informações do metagenoma. Classificações taxonômicas e funcionais foram realizadas para se obter os respectivos perfis dos dados. P. vannamei e WSSV foram os organismos mais abundantes na classificação taxonômica. A classificação funcional foi realizada através do software MEGAN, mostrando várias funções relacionadas com as vias metabólicas de carboidratos, lipídios e proteínas, além de funções relacionadas com virulência (liberação da latência viral, integrase, CRISPR associated helicase, cas3 e resistência a acriflavina). Uma classificação taxonômica a partir do BLASTx realizada via MEGAN apresentou resultados similares aos da classificação usando BLASTn, reforçando-os. Os resultados do BLASTn guiaram a montagem do genoma mitocondrial completo do P. vannamei, no qual foi feito um estudo preliminar de caracterização da região d-loop e avaliação do seu potencial de barcoding. Também neste estudo foram anotados 287 contigs para P. vannamei, ainda sem um genoma de referência disponível. Por fim, este estudo revelou baixa diversidade taxonômica e funcional no músculo do camarão, além da caracterização do d-loop mitocondrial da espécie P. vannamei.
Abstract: The white leg shrimp (Penaeus vannamei) is the most cultivated species in worldwide aquaculture. The commercial cultives often occurs in high densities, leading to the selection of virulent pathogens and outbreaks. Therefore, strategies for monitoring the microbiota in cultives become necessary and, in this context, the usage of metagenomics have been suggested in aquaculture. Shotgun metagenomics can recover the genomic information of the host and its associated microbiota, including viruses, allowing to discover its taxonomic and functional composition. In this study it was performed a metagenomic analysis of shotgun sequencing data from the caudal muscle of a P. vannamei specimen infected by the shrimp white spot syndrome virus (WSSV), aiming to prospect sequences and information from the metagenome. Taxonomical and functional classifications were performed in order to obtain these respective profiles of the data. P. vannamei and WSSV were the most abundant organisms in the taxonomical classification. The functional classification was performed using MEGAN software and showed many functions related to carbohydrate, lipid and protein metabolic pathways, besides functions related to virulence (release from viral latency, integrase, “CRISPR associated helicase, cas3” and acriflavin resistance). A taxonomical classification from the BLASTx with MEGAN showed similar results to the classifications with BLASTn, reinforcing them. The BLASTn results guided the assembly of the mitochondrial genome of P. vannamei, on which a preliminary study was done to characterize its d-loop region and evaluate its barcoding potential. Also, 287 contigs were annotated for P. vannamei, which still lacks a reference genome. At last, this study revealed low taxonomic and functional diversities in the shrimp’s muscle, evidence of occurrence of potentially pathogenic nematodes, the annotation of ORFs for P. vannamei, besides the characterization of the mitochondrial d-loop of P. vannamei species.
URI: https://repositorio.ufrn.br/jspui/handle/123456789/27709
Appears in Collections:PPGBIONF - Mestrado em Bioinformática

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